小分子活性肽作為疫苗、診斷試劑、藥物以及藥物先導化合物已成為藥物研究領域的新趨勢。小分子活性肽有多種篩選方法：基于噬菌體展示肽庫、隨機合成多肽庫、反義多肽庫、蛋白質降解（酶法、化學法）、MHC-多肽復合物、蛋白質結構和蛋白質結構預測等。
噬菌體展示肽庫篩選是比較成熟的篩選方法。通過3輪篩選，可獲得較理想的菌株，通過DNA測序推測其表達的小分子肽序列，再通過定向合成來驗證小分子肽的生物活性。其缺點是庫容多樣性易受到多種因素的影響，且獲得的是小分子肽親和力較低。
隨機合成肽庫可根據客戶的需求進行合成，通常生產周期短，庫容大，合成一個含10個氨基酸的肽庫，其庫容可達到1012。通常隨機合成肽庫有2中合成方法：分開再混合（split and mix）和氨基酸預混合（pre-mix）。分開再混合的方法獲得的肽庫，其不同序列的含量較一致且每個樹脂球只含有一種多肽。氨基酸預混合法獲得的肽庫，其不同序列的含量千差萬別，可能會造成篩選失敗。由于庫容過于龐大，對篩選到的活性多肽進行結構鑒定是非常具有挑戰性的一項工作。
反義肽庫篩選，反義肽庫是根據生物學原理設計的肽庫，其篩選成功率高，但需要確定目標蛋白關鍵區域的氨基酸序列。通常可以運用Clustal X等生物信息分析軟件進行比對分析確定關鍵區域的氨基酸序列。氨基酸序列確定后，根據Meker-Idlis（M-I）理論，設計反義肽庫。此時，可以直接合成反義肽庫進行多肽篩選，也可以通過軟件（Discovery Studio）進行模擬篩選獲得容量更小的肽庫。此類篩選方法由于目標明確且肽庫庫容較小（一個含10個氨基酸的反義肽庫，其庫容僅103。），較容易篩選到目標多肽并進行結構確認。
篩選到目標多肽后，可以通過構建不同的多肽文庫，進行功能區域的確認和篩選到活性更強的多肽。
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